西船橋駅の出入口は2つあり、メインの北口は21世紀に入ってからリニューアルされたためスタイリッシュなデザインです。駅前はロータリーがあり、千葉街道までの通りは繁華街になっています。
南口は小ぢんまりとした出入口で、駅前にロータリーなどはありません。こちらも最近改良されています。
JRの改札口は東京メトロの改札口よりも北側にあります。
駅構内には3階まである区画が一部あり、その部分はDila西船橋として整備されています。
もともとこの駅はJRと東京メトロのコンコースの間に改札はなかったため、総武線と東西線をつなぐ連絡通路が3か所もあり、それぞれに連絡改札があります(JR東日本：駅構内図
←リンク切れ注意)。その中でも中央にある改札はこのようにかなりの規模です。
総武線のホームは1〜4番線の2面3線で、中線が両面ホームになっているため2番線と3番線は同じ線路を使っています。中線には平日朝の当駅折り返しの列車が発着します。
快速線にはホームがありません。しかし、この写真でもわかる通り1面2線のホームを作れるスペースがあります。昔成田新幹線がこの駅を通る計画があり、将来新幹線駅になった場合に備えてのものだったとも言われています。
総武線ホームの駅名標です。
武蔵野線、京葉線は2面4線のホームを使っています。基本的には外側の線路に南船橋方面発着、内側の線路には東京駅発着の列車が停車します。また、京葉線、武蔵野線ともに当駅折り返し列車が設定されています。
南側では、ここから1kmほどの間、南船橋方面と東京方面の線路が並ぶため複々線区間のような雰囲気です。
京葉線、武蔵野線の駅名標です。