東口
東口は裏口的な出入口です。新三郷は武蔵野線では珍しい地上駅で、駅舎は橋上駅舎を採用しています。
東口駅前(右が東口)
東口駅前の上空には、西口に向かう道路が通っています。
西口(2階の人口路盤より)
西口も駅舎の形は東口に似ていますが、人口路盤のある2階にも出入口があるのが特徴です。
左：IKEA 右：ららぽーと
ららぽーとやイケアがあり、さながら南船橋のような雰囲気の西口駅前。京葉線では海浜幕張にあるコストコも新三郷に進出しています。これらの商業施設があるのはもともとは武蔵野操車場や武蔵野線の上りホームがあったところで、その名残で現在でも西口からかなり離れた交差点に「新三郷駅前」の名がついています。
駅舎は新しいもののようで、改札付近は天井が高く、自然採光が採用されています。
西船橋方より
ホームは地上にある相対式2面2線です。
駅名標は横長です。