駅舎です。東芝関係者しか駅の外には出られず、許可証を専用の機械のようなものにかざすか守衛さんの許可をもらわないと外には出られません。守衛さんの許可をもらえば外から駅舎をとることもできるらしいですがこの日は本来の目的の方が多く、そういうことはできませんでした。
駅の先には海芝公園という公園が整備されていて、運河の眺めを楽しむことができます。
駅の入り口はバリアフリー化されていて、入り口にICカード用の簡易改札があります。
ホームは1面1線で、付け根側の一部には屋根がついています。
「運河は海なのだろうか？」という根本的な疑問さえ無視すれば当駅と新芝浦駅が日本一海に近い駅タイとなります。
駅名標は新芝浦と同じ簡単なデザインのものです。黄色い駅名標もあります。
その特異さもあってか関東の駅百選認定駅です。