東口
日根野駅は橋上駅舎で、出入口はかなり簡素な作りです。駅前のロータリーはきれいに整備されています。
西口
西口側に駅前広場はなく、出入口は直接道路に面しています。
阪和線の中では利用客数が多い方ですが、近畿地方全体でみると際立って多いわけでもなく、改札は3列しかありません。
和歌山方より
島式ホーム2面4線で、待避線では快速の連結などが行われます。
3番線
関空快速と紀州路快速の連結は信号設備の関係で必ず3番線で行われます。
天王寺方
この駅は上下線の間に上下兼用待避線が挟まれた構造だったところに、あとから下り線用待避線の1番線が増設されたような変則的な線路配置をしています。そのため上り待避線の3番線には下り列車が発着可能で、過去にはこれを利用して和歌山方面←→関西空港線の乗り換えが同じホーム上で行えるようにしていたこともあります(紀州路快速と関空快速が3番線で連結するようになったため現在はしていません)。
和歌山・関西空港方
車庫と関西空港線が分かれていくため線路がたくさんあります。画像中央で高架に上がっていくのが関西空港線、その両脇が阪和線、左へ向かうのが車庫線です。
駅名標の横には「のりかえ」の標識があります。